Mugeni este una dintre cele mai vechi așezări din Scaunul Odorhei, localizându-se în lunca Târnavei Mari, pe cursul mijlociu al acesteia, în depresiunea Mugeni. Mugeni este reședința comunei de care aparțin șapte sate: Lutița, Beta, Dejuțiu, Mătișeni, Dobeni, Aluniș și Tăietura.
Balázs Orbán a notat următoarele despre Mugeni: „Conform tradiției, vechea denumire a satului a fost Hosszufalu (Satul Lung), deoarece gospodăriile risipite din zona Luteniului se întindeau până la pârâul Fancsika, însă de acolo, de teama inundațiilor frecvente, s-a mutat pe vatra actuală mai ferită. (…) Această strămutare și schimbare de nume s-a întâmplat însă demult, căci biserica satului stă mărturie în favoarea vechimii existenței acesteia pe amplasamentul actual. Vechimea numelui Bögöz este atestată de Registrul de dijme papale, în care, în dreptul anului 1332/1333 satul apare sub forma Bugus”. (B. Orbán, Descrierea Ținutului Secuiesc…, V.)
Începând cu mijlocul anilor 1950, pe teritoriul satului au fost organizate săpături arheologice. În vatra de foc a unei locuințe cercetate au fost descoperite fragmente ceramice care aparțin de trei orizonturi culturale diferite – Ariușd, Tisa și Turdaș – din perioada neoliticului. În afară de acestea, au mai fost descoperite numeroase unelte de piatră șlefuită, topor de cupru, statuete de lut, oseminte de bour, fragmente de vase dacice și monede romane.
Vestigiile arheologice sunt dovada faptului că diferitele populații s-au stabilit aici începând deja cu sfârșitul neoliticului, acum circa 6500 de ani. Aici au trăit și romani care au părăsit zona la sfârșitul secolului al III-lea. În următoarele aproape opt secole, vatra satului a rămas nepopulată, pentru ca la sfârșitul secolului al IX-lea să își facă apariția un nou popor, pecenegii. Numele satului provine din această epocă, la 1332/1333 fiind menționat în Registrul de dijme papale sub forma Bugus. Cuvântul bögüz în limba cumană înseamnă gât, o denumire foarte potrivită satului localizat în inima pasului Bonta.
Biserica reformată a satului este unul dintre cele mai frumoase monumente medievale din zonă. Inițial a fost o biserică de rit occidental romano-catolic, frescele sale cu reprezentarea Legendei Sf. Ladislau stând mărturie în acest sens. Edificiul se află în centrul vetrei vechi a satului, pe malul stâng al Târnavei Mari. Deosebit de frumoase sunt consolele gotice târzii cu decorații diferite, corul gotic târziu și ferestrele cu terminații în arc frânt. Nava bisericii este acoperită cu tavan casetat pictat, realizat în anul 1724. Amvonul datează din 1748, iar ușa sculptată a intrării sudice din anul 1761. Biserica a fost ridicată în secolul al XIV-lea, în veacul următor fiind supusă mai multor refaceri. Zidurile ei au fost construite din cărămidă și piatră și are o suprafață de 278 mp. Decorul pictat al pereților interiori a fost realizat în secolul al XIV-lea, el fiind descoperit sub stratul de zugrăveală cu ocazia lucrărilor de reparații din anul 1865. Dezvelirea și salvarea picturilor sunt meritul lui József Huszka și Adolf Csehely. Turnul bisericii a fost construit în același timp cu nava, colțurile lui fiind sprijinite cu contraforți în unghi de 45 de grade.
Biserica reformată din Mugeni este unul dintre cele mai reprezentative lăcașuri de cult medievale ale zonei Târnavelor, a cărui cercetare arheologică s-a desfășurat între 2009 și 2013 fiind condusă de arheologii Zsolt Nyárádi și András Sófalvi.
Cercetarea a identificat rămășițele unei așezări arpadiene, care prezintă elementele clasice ale unei localități mici, tipice pentru Transilvania secolelor XII-XIII. Pe parcursul cercetării, pe lângă materialul arheologic constând în principal din ceramică, experții au găsit urmele unor bordeie.
Prima fază de construcție a bisericii reformate din Mugeni se poate data în secolul al XIII-lea. Absida dreptunghiulară a clădirii se poate regăsi în biserica actuală, lărgită. Mai târziu, în secolul al XIV-lea, biserica a fost extinsă, clădirea primind o navă masivă, un cor cu închidere semicirculară și un turn, respectiv la începutul secolului următor o sacristie. Datorită creșterii numărului enoriașilor, biserica a fost extinsă din nou, de data aceasta fiind transformat corul, care a fost lărgit și a primit contraforturi. În perioada goticului, la cumpăna secolelor al XV-lea și XVI-lea, pereții corului au fost consolidați, respectiv acesta a primit, în conformitate stilul acestei perioade, o închidere poligonală și a fost întărit cu contraforturi, iar pe latura de nord s-a construit noua sacristie. Astfel, cu excepția câtorva modificări ulterioare (demolarea sacristiei în perioada reformei), biserica și-a căpătat aspectul actual cu ocazia transformărilor din această perioadă. Din secolul al XV-lea se începe practica înmormântării în biserică, fiind vorba de membrii familiei patronului bisericii, János Bögözi, care au fost îngropați aici până la dispariția acestei linii. La începutul secolului al XVII-lea familia Farkas construiește o criptă de piatră în biserică, unde sunt înmormântați nouă membri ai familiei.